Walzenhausen stand am Anfang einer Phase von Gemeindegründungen in Appenzell Ausserrhoden. Vierzehn der zwanzig Gemeinden wurden zwischen 1614 und 1749 gegründet. Die Leute am Unteren Hirschberg, dem späteren Walzenhausen, gehörten seit den 1420er-Jahren zwar zum Land Appenzell. Sie blieben aber nach St. Margrethen kirchgenössig. Nach der Reformation gab es Konflikte um die Nutzung der Kirche. Der Bau der eigenen reformierten Kirche führte auch zur politischen Eigenständigkeit. Bis dahin war Walzenhausen ein Teil der Rhode Trogen gewesen. Die Brunnenfigur zeigt das Walzenhauser Wappentier. Die 1874 erbaute Rheinburg-Klinik war bis 1985 ein Hotel.
